山本弟弟的全息影像在操控室中扭曲变形，发出刺耳的狂笑：“看看头顶，这整个基地就是个巨型基因炸弹！”众人抬头，惊见穹顶布满流动的紫色脉络，如同一张巨大的基因网络正在苏醒。零的机械义眼红光爆闪：“检测到超量基因能量聚集，三十分钟后将引发连锁反应，整个海底基地连同周边海域都会被彻底吞噬！”
郭雅琴握紧磁暴步枪，枪口对准全息影像：“关闭装置，否则现在就送你彻底消失！”山本弟弟的虚影化作数据流溃散，却在消失前甩出一道能量鞭，抽向操控台上的启动按钮。千钧一发之际，李小二飞身扑过去，用身体死死压住按钮：“想启动？先过我这关！”他的后背被能量鞭灼烧出焦黑的痕迹，却咬着牙纹丝不动。
小奶娃冲向装置核心，发现那里插着三把镶嵌基因晶体的钥匙孔。“这是三重基因锁！”他急得额头冒汗，“需要匹配特定的基因序列才能解锁！”刘老鬼挥舞大刀砍翻涌来的暗影士兵，边战边喊：“上哪找这些鬼序列？难道要把我们的血都放一遍？”
零突然调出记忆芯片的残留数据：“有线索了！山本弟弟的研究日志里提到，三把钥匙对应的是‘创造、毁灭、平衡’三种基因形态！”他的机械义眼投射出全息图谱，“小奶娃，你的女娲基因能模拟创造之力，但毁灭与平衡...”话音未落，操控室的墙壁轰然倒塌，数十个机械守卫蜂拥而入，它们的胸口闪烁着幽蓝的毁灭基因晶体。
“我来！”郭雅琴举起磁暴步枪，将能量核心调整到超负荷状态，“这些晶体吸收了太多攻击能量，或许能逆向提取毁灭基因！”她连续射击，蓝光如暴雨倾泻在机械守卫身上。晶体在能量冲击下开始龟裂，小奶娃趁机掏出提取器，将飞溅的基因碎片收入试管。
就在这时，海底基地突然剧烈摇晃。李小二从操控台上摔下来，脸色煞白：“倒计时只剩十分钟了！”更糟的是，随着震荡加剧，潘多拉装置开始自动充能，刺目的蓝光中浮现出扭曲的人脸轮廓——那是被强行融合的无辜生命在挣扎。
“平衡基因...”小奶娃突然想起机械羽翼少女消散前的嘱托，他闭上眼睛，感受体内女娲基因的流动，将其与毁灭基因缓缓混合。试管中的液体开始沸腾，最终化作一道柔和的金光。“找到了！是生命与死亡的共鸣！”他将混合基因注入第三把钥匙孔，装置核心传来齿轮转动的轰鸣。
然而，最后一道锁却纹丝不动。零的机械义眼突然捕捉到异常：“装置在排斥单一力量！需要三种基因同时注入，还要...”他的声音戛然而止，目光落在郭雅琴身上，“队长，你的磁暴能量本质上是对物质的重组，或许能模拟平衡之力！”
郭雅琴二话不说，将磁暴步枪插入装置接口。小奶娃和刘老鬼分别注入创造与毁灭基因，三种能量在装置内部激烈碰撞。倒计时指向五分钟时，装置突然发出刺眼的白光，所有机械守卫停止行动，穹顶的基因网络开始逆向运转。
山本弟弟的身影再次出现，这次他的能量体变得虚幻而透明：“不可能...我明明计算过所有可能...”他的声音被装置的轰鸣声淹没，潘多拉装置开始自我分解，释放出的基因能量化作光点，治愈着被改造的机械守卫和海底的生物。
当倒计时归零的瞬间，众人被能量波推出操控室。零紧急启动潜艇的逃生程序，小奶娃在昏迷前看到，无数发光的基因链条从基地废墟中升起，汇聚成一条璀璨的星河，向着海面延伸。而在遥远的延安，基因库的守护者们同时望向东方，眼中闪烁着欣慰的光芒。
潜艇浮出水面时，朝阳正跃出海平面。李小二抹着眼泪摇晃小奶娃：“醒醒！你还没带我去看会飞的自行车呢！”少年睫毛颤动，虚弱地笑了：“先...先让我发明能在海里烤红薯的炉子...”郭雅琴望着波光粼粼的海面，握紧了刻有太阳纹章的项链——那是机械羽翼少女最后的馈赠。而在海底深处，暗影组织的阴谋随着基地的覆灭彻底瓦解，新的和平，终于在基因的回响中悄然降临。