延安的夜色深沉，凤凰山脚下的秘密基地灯火通明。小奶娃坐在堆满图纸的桌前，手中的铅笔在纸上飞速舞动，绘制着新型武器的设计图。李小二打着哈欠凑过来：“你说，这能在海上对付暗影组织的那些怪物？”小奶娃头也不抬，眼睛紧盯着图纸：“肯定行！这次我把女娲基因能量和战舰引擎结合，不仅速度快，还能干扰敌人的武器系统！”
郭雅琴站在一旁，听着两人的对话，心中五味杂陈。零调出暗影组织海底基地的三维模型，基地四周环绕着巨大的机械触手，表面闪烁着诡异的能量护盾：“根据情报，海底基地的防御系统由基因识别和能量屏障构成，普通武器根本无法靠近。更棘手的是，他们已经开始量产‘潘多拉装置’，一旦启动，全球人类的基因将被改写。”
刘老鬼皱着眉头，大手摩挲着大刀刀柄：“那咱咋进去？总不能学鱼一样游过去吧！”小奶娃突然眼睛一亮，从抽屉里翻出一个巴掌大的机械鱼模型：“有办法了！这是我之前做的基因探测鱼，只要改造一下，就能模拟暗影组织的基因信号，带我们潜入基地！”
经过一夜的紧张改装，一艘由基因探测鱼领航的小型潜艇缓缓驶出延安的秘密港口。郭雅琴、李小二、小奶娃和刘老鬼坐在潜艇内，零则通过卫星通讯提供实时情报。潜艇在波涛下潜行，四周漆黑一片，只有声呐屏幕上闪烁的光点显示着危险的存在。
“注意，前方发现不明水下生物！”零的声音从通讯器中传来。小奶娃紧张地盯着屏幕，那些生物的体型庞大，且行动诡秘。突然，潜艇猛地一震，似乎被什么东西击中。“是暗影组织改造的机械章鱼！”小奶娃大喊，“它们的触手上带有基因腐蚀液！”
刘老鬼举起新研制的基因脉冲枪，对着窗外射击。脉冲枪射出的能量波让机械章鱼的行动变得迟缓，但更多的章鱼正从四面八方涌来。小奶娃迅速调整潜艇的能量频率，与机械章鱼的基因信号产生共振，使其触手纷纷脱落。
当潜艇终于靠近海底基地时，众人却发现基地的入口被一层由基因链条编织而成的滤网堵住。李小二着急地说：“这下咋办？冲过去肯定被发现！”小奶娃看着手中的基因探测鱼，若有所思：“或许……我们可以利用它破解滤网的基因密码。”
他将探测鱼发射出去，探测鱼在滤网前释放出特殊的基因信号。经过漫长的等待，滤网缓缓打开一道缝隙。潜艇小心翼翼地驶入基地内部，昏暗的灯光下，巨大的金属管道纵横交错，隐隐传来低沉的轰鸣声。
“这里就是‘潘多拉装置’的核心区域。”零的声音带着紧张，“根据扫描，装置已经进入启动倒计时，我们必须尽快找到关闭程序。”众人沿着通道前行，突然，前方涌出一群身着黑色战甲的暗影士兵。这些士兵的战甲上镶嵌着红色的基因晶体，手中的武器能发射出冻结基因的冰蓝色光束。
刘老鬼率先冲上前，大刀挥舞间，带起呼呼风声。李小二则用基因干扰弹打乱敌人的阵型。小奶娃躲在掩体后，不断调整着武器的频率，试图找到克制暗影士兵的方法。郭雅琴一边射击，一边留意着周围的环境，寻找着关闭装置的线索。
在激烈的交火中，小奶娃发现暗影士兵战甲上的基因晶体与基地的能量供应系统存在关联。他迅速改装手中的武器，使其能发射出反向的基因脉冲。当他扣下扳机，一道紫色的光束射出，击中士兵的战甲。战甲上的晶体瞬间破裂，士兵们纷纷倒地。
众人继续深入，终于来到“潘多拉装置”的操控室。巨大的装置矗立在中央，表面闪烁着诡异的蓝光，四周的屏幕上显示着复杂的基因代码。然而，还没等他们靠近，山本弟弟的全息影像突然出现：“你们以为能阻止我？太天真了！从你们踏入基地的那一刻起，就已经落入我的陷阱！”