当大家意识到某件事情似乎已经结束的时候，更多的事情正在发生。
几乎是十字架出现的同时，长濑裕树的医护室便向指挥室内告知，明日香和真嗣的孩子在培养液中顺利完成发育，展露生命体征。
不知是巧合还是人为的结果，他的生日也是6月6日，和真嗣一样。
明日香知道后激动得哭了起来，但对于自己的孩子，她似乎还没有想好名字。
当然还有一件事情更值得她哭：
过了将近一周，在反复地分析和研究中，人们才后知后觉的了解了那天发生了多么壮烈的事情。
碇源堂早前在内心世界打败亚当，短暂地夺回了身体的控制权，为了防止亚当再一次在他体内苏醒，他假意与真嗣决斗，实则借福音骑士初号和十三号的力量合力将自己体内的亚当完全封印。
那么，代价是什么？
碇源堂的肉体和灵魂，两者无一例外全部灰飞烟灭，没有丝毫找回的可能性。
根据wILLE的研究，那十字架上的真嗣也仅仅剩下肉体，灵魂大抵也消失不见了。他身上的石头便是亚当原先以胚胎形式存活的肉体，但似乎同样没有活性。在6月6号后的24小时内，真嗣的肉体很快石化，逐渐成为一座禁锢在十字架上的丰碑，而那十字架，也难以被撼动。众人决定不再处理这座十字架，默许这位年少的创世神无声地注视着他曾存在过的世界。
原先地下剩余的那条驱动器是十三号的，并不是真嗣的那条。真嗣的那条驱动器从本质上来讲并不属于这个世界，而十三号这条驱动器才是这个世界的wILLE研制而成的。经过相对简单的处理，它成功还原为福音初号驱动器和马克六号驱动器，但目前来看似乎没有什么意义了。
渚薰的dSS项圈被人工摘除，他的身体与正常人类已经无异，但这也使得他的同步率恒定为0%，所以十三号驱动器分出的两条驱动器都失去了合适的使用者。
屏障的消失，意味着日本与外界联系的完全互通，总的来说，这绝对利大于弊。
人们开始了解到外面世界的更大变革：
外面世界的区划体系简化，换句话说——统一化，大概由原来的国家为基本独立单位转变为文化圈作为基本独立单位，或许在客观上，人与人的距离近了点吧。
可这个世界的故事还没结束。
基路仍然存在，补完仍有可能，世界局势也暗流涌动。
创世神短暂地离开了我们，也该我们去继续维护这个世界了。
Fly me to the moon.
EVA拒绝补完·第一部、完