在水门领导全体木叶国民的反抗中，整个京都被救世会占领，团藏也被击杀。
随着团藏的被杀，九尾与水门一方也停下了战斗，九尾那庞大如山的身躯散发着强大的威压。
之前在上百公里外指挥战斗的水门也出现了，他看着九尾，缓缓开口道：“九尾，战斗已经结束了，团藏已死，再战斗下去没有任何意义。”
九尾微微晃动身躯，无所谓的说道：“哼！雇主已死，我不再参与作战没问题，但我们尾兽的利益……”
水门回应道：“九尾，我承诺，只要你不再与我们为敌，我会保证你一切待遇不变，你可以回到你的尾兽乐园，继续过你的生活。”
听到水门的承诺后，打工兽九尾缓缓说道：“好，人类，我接受你为新的雇主，有事说话，钱给够力出够。”
说完，九尾转身离去，那巨大的身影逐渐消失在远方，返回了它的尾兽乐园。
随着九尾消失在视线里，有部下说道：“水门大人，九尾在战斗中杀了不少我们的弟兄，真的就这么算了嘛！”
水门微微沉思，而后说道：“这一切的罪魁祸首都是团藏，团藏已死，被九尾杀的那些忍者他们都是为了大局牺牲的，值得敬佩，他们的牺牲换来了木叶的新生，他们是英雄。”
身边水门众人纷纷点头，表示认同，看着认同的众人水门心想“一切都是为了大局，为了大局谁都可以牺牲嘛”
此战过后整个木叶国都被救世会牢牢掌控，作为救世会的会首，救世会纲领的提出者，水门在木叶国人心中的威望如日中天。
救世会的成员们纷纷议论着。
成员千井三激动的说道：“水门大人带领我们推翻了团藏的残暴统治，他是我们的英雄，我们一定要推举他为新的天皇。”
成员千木三用力点头，附和道：“没错，没有水门大人就没有救世会，他是最合适的人选，只有他能带领我们走向更好的未来。”
于是，达成共识的众人来到水门面前，一致要水门做新的天皇。
水门开始推辞道：“我何德何能，怎么能担当如此重任？不可，不可。”
众人再次请求：“水门大人，您就不要推辞了，如今的木叶国需要您的领导，只有您才能服众。”
水门又一次拒绝：“我真的不能胜任，你们另选他人吧。”
然而，经过三辞三让，水门在广大木叶国民的强烈要求下，勉为其难地决定担任天皇之位。
水门站在京都高台处，目光扫视着下方的救世会众人，大声说道：“猿飞日斩、志村团藏的统治都没有法理依据。
我才是一代天皇宇智波斑，二代天皇千手扉间的继承者，早在多年以前，斑陛下就说我有皇者之资，我才是真正的三代天皇。”
成为天皇以后，水门开始思考着木叶国的未来，为了木叶国的未来，他决定立下自己的儿子鸣人为木叶太子，作为下代天皇继承人。
此时的鸣人已经好几岁了，他被带到水门面前。
水门看着鸣人，严肃地说道：“鸣人，从今日起，你便是太子，未来的天皇之位将由你来继承。”
鸣人扬起下巴，眼神坚定地看着父亲，说道：“父亲，我相信我成为四代天皇以后，会带领木叶走向更辉煌的未来。”
作为木叶太子，相对原剧情中的漩涡鸣人，波风鸣人的生活极为奢华，他住在宏伟奢华的木叶太子宫中。
他的身边总是围绕着一群侍从，他们随时为鸣人服务，满足他的各种需求，鸣人穿着华丽的服饰，吃着精美的食物，谁敢让波风鸣人吃过期的食物，不够新鲜服侍的人都会被责罚。
与原剧情中的漩涡鸣人不同，现在的波风鸣人作为皇位继承人接受着帝皇王霸之道的教育，掌握身边人的升迁甚至生死，不可避免的变得霸气和自信。
然而，鸣人并没有被这样的生活冲昏头脑，他的本质依然是善良的。
在宫殿的花园中，鸣人独自漫步，在心中思考着自己的未来。他决定自己不能仅仅依靠父亲的光环，他要通过自己的努力，成为一个真正伟大的天皇。
鸣人下定决心，他要让木叶国成为一个充满希望和幸福的国家。
成为天皇的水门经过深思熟虑，在第一次木叶大会上不顾不少人的反对，强硬的说道：“我将立下至高法，未来无论发生什么事情，木叶国民都可以学习忍术，传播忍术，后代之君或者其他人敢禁止普通人学习忍术，天下共击之。”
有人问道：“陛下，为何要如此规定呢？”
水门回答道：“只要普通木叶人有足够的力量，便永远不用担心被欺压了，这是为了我们木叶的未来，为了我们的百姓。”
至此，水门的威望直追初代天皇斑，木叶国民也并没有因为有了力量就胡乱生事，每一个人都前所未有的有了安全感，不必再担心随意被欺压，普通木叶国民也有了最后的保障，人人称颂水门。