三千万年后，随着人类进入了新时代，和平成为了这个时候的主旋律，最后在各方势力的角逐与妥协之下，成立了地球和平联合组织，简称“tpc”。而tpc下辖了一个专门应对特殊事件的胜利队。
就在这个战争与争斗逐渐减少的时候，大变动降临了。
一颗陨石仿佛跨越了千古岁月，冲入了地球的大气层，引发了大地的震动。
最后胜利队回收了这个陨石。而陨石回收的过程了，位于大陆中部的草原上，一片土地开始塌陷，一只巨大的怪兽从中冒出，并且在夕阳下嘶吼。
胜利队派出了丽娜和大古驾驶着飞燕1号机，对着怪兽发射信号弹进行驱离。怪兽抬头看了一眼，便挖地洞跑路了。
大古和丽娜无奈只能先回总部。回到总部后，发现tpc研究所的坚村博士正在司令部切割一个陨石，最后从陨石中取出了一个泛着金属光泽的圆锥形物体。
看着这个很明显具有人为特色的物体，众人都是满脸吃惊。而隐藏在这圆锥形物体内部的一个灵魂正在缓缓苏醒。
这个灵魂赫然就是献祭进时光机的那一部分幽怜的灵魂。
随着灵魂的苏醒，时光机发出了闪亮的光芒，众人一脸警惕的看着这一幕。
最后时光机上的摄像头外面的小门缓缓打开，投射出了幽怜的身影。最后运用生物语言翻译器，实现了对于语言的翻译。通过翻译得知了幽怜的身份，让众人惊讶于史前存在文明。
随后，幽怜向众人预言了哥尔赞和美尔巴的复活，以及位于金字塔内的巨人。
大古冥冥之中觉得幽怜说的话都是对的，并且极力证明幽怜所说事情的真实性。
后面胜利队队员掘井对着这个陨石进行分析之后得出了这个时光机来源于三千万年前。
随着警报响起，美尔巴也复活了。
众人完全相信了时光机的预言，于是在野瑞队员强大的计算机操作下，锁定了金字塔的位置。于是众人开始前往寻找金字塔。（值得一提的是，野瑞是一个未成年人，不过维权意识不够，不然胜利队妥妥的要赔钱）
而另一边，位于深海露露耶遗迹内，现在这个遗迹已经完全沦为了黑暗的乐园，自从赛罗冲入永恒核心之门之后，整个露露耶遗迹都陷入了无尽的黑暗，黑暗在这里生根发芽。在这三千万年的时间不断发展壮大，可就是无法再逾越永恒核心之门半步。
而在永恒核心之门内部，最后一点永恒核心，进入到了终极光辉形态下的赛罗能量核心当中。赛罗完成了对于永恒核心的完全吸收，自身拥有了几乎是无限的能源供给，这令赛罗的实力提升到了一个非常恐怖的地步，尤其是在解决了终极光辉形态高耗能的情况下，赛罗的实力更是达到了前所未有的高度。
赛罗吐出一口浊气，对着赵岚说道：“这个吸收的过程可真是漫长。”
赵岚无奈苦笑道：“能不长吗，要不是永恒核心的能量让我的生命层次跃迁了，恐怕你只能见到我化成的尘土了。”
而在意识海中的那些魂兽，也因为永恒核心的能量，加上三千万年漫长的吸收，众兽的实力全部达到了千万年魂兽，这令那些魂兽都是非常兴奋，最关键因为这个世界的级别非常高，所以哪怕是魂兽修为达到了三千万年以上，也不会引发天劫这种东西。
赛罗和赵岚对于漫长时间是没有任何概念，但是那些魂兽对于时间的流逝是非常清晰的。所以当他们说时间已经过去三千万年的时候，无论是赛罗还是赵岚都愣住了。
二人简单的错愕之后，赛罗一脸惊喜：“本少我现在应该就是光之国年龄最大的奥特曼了，现在是不是奥特之王老爷子也要给本少递华子。”
赛罗越说越兴奋，越说越开心。他想好了，等他回到光之国，一定要好好嘚瑟一番，尤其是要去雷欧那里嘚瑟。
赵岚则是思考起来，现在的时间线应该就是迪迦的剧情了，就是不知道剧情到了什么时候。
突然赛罗眼神一凝，他凝重的说道：“我感受到了赫劳、阿基雷斯、迪迦，三奥的石像的气息。”
赵岚一愣，感情现在剧情才刚开始啊。
随后赵岚对着赛罗说道：“赛少，咱们也出去透透气。”
于是赛罗点了点头。一道恐怖的光能量从海底的露露耶遗迹射出，冲天而起。
紧接着，本来看到哥尔赞和美尔巴正在破坏石像而焦急的留守司令部的野瑞和居间惠队长，突然整个基地发生警报。
随后，野瑞打开电脑，调出资料，惊讶的说道：“有巨大的能量出现在了太平洋中部。”说着将能量数值投放到大屏幕。
只见大屏幕上显示能量的数值正在飞速上涨，很快就超过的检测范围。
野瑞和居间惠全部惊讶的看着这个数值，嘴巴张大。
而在现场的宗方副队长听着司令部的惊呼，也是一脸疑惑的询问道发生什么事情了。
不过居间惠也没办法给他准确的答复。
而就在这时，大古驾驶着飞燕1号义无反顾的冲向已经破坏了前面两个石像，正要打算破坏迪迦石像的哥尔赞。
大古感受到了冥冥之中的一股牵引，致使他想要保护迪迦的石像。
突然美尔巴不讲武德的发射激光，将大古的驾驶的飞燕1号击落（坠机+1）。大古在座舱中想要跳伞，却没有任何效果，最后大古在绝望中化作了一道光融入了迪迦的能量核心当中。
在得到大古的能量后，迪迦石像还是变回他本来的样貌。
看到迪迦复苏，无论是宗方还是其他队员都是满脸惊讶的看着。
迪迦本体残留的意识，感受了一下自身的能量，简直少得可怜，不过迪迦还是上前去，和哥尔赞以及美尔巴战斗，不过怪兽军团向来不讲武德，迪迦在打哥尔赞，美尔巴偷袭，迪迦打美尔巴，哥尔赞偷袭。
这个时候，迪迦大怒，切换成了大古快乐型，打算给哥尔赞来点狠的，迪迦把哥尔赞打得不要不要的。
一旁的美尔巴看不下去：“敢动我兄弟。”
于是美尔巴凭借着自己速度的优势，躲过了迪迦的扫堂腿。
而就在这个时候，一道金色光柱直接冲天而下，射向迪迦旁边，随着金色光柱逐渐消散，赛罗奥特曼的身影从中走出。
迪迦残留的意识，看着这位老友，点了点头，于是切换成空中形态去找美尔巴的麻烦去了。
而哥尔赞看到光柱中走出的赛罗，双腿都在打颤，心里暗骂：“这个畜生、刽子手怎么还没死！”
哥尔赞想起了三千万年前的记忆，当时他的族人被赛罗砍瓜切菜般一个又一个的砍倒。
最后他想起了族中长辈说过的话：“任何奥特曼攻击怪兽时都会产生怜悯和仁慈，或是会产生停止攻击的想法，但是赛罗不会有这种想法。”
哥尔赞想起了这句话，又回忆起三千万年前自己的族人被赛罗一个奥特曼包围的场景，咽了咽口水，身体开始不断后退。
赛罗一看：“呦吼，这不是老朋友吗，三千万年不见还挺别致的，都懂得跑路了。”
于是赛罗直接冲上前去，一把抓住哥尔赞的尾巴，一把甩飞到空中。
哥尔赞现在在空中，眼睛里面流出了绝望的眼泪，他现在肠子都悔青了，恨不得自己没有醒，早知道就继续睡觉了。
哥尔赞摔到地上，艰难起身，赛罗瞅准时间，一个飞跃，跃至八百米高空，直接向下飞踢。燃烧着恐怖火焰的飞踢狠狠的砸在了哥尔赞的头上。哥尔赞的眼神里面透露出了解脱的神情，倒地爆炸。
看到赛罗如此丝滑的解决对手，胜利队的人都震惊了。随着迪迦一发“兰帕尔特光弹”将美尔巴送走。
迪迦缓缓走到赛罗面前，点了点头，说了一句：“麻烦你照顾一下我的这个继承人。”
赛罗点了点头之后，两奥一起飞天而去。