测试出了治愈一阶感染者的有效剂量之后，伊凡开始测试煎饼果子对二阶段感染者的效果。
他来到一名处于第二阶段的感染者面前，这位感染者躺在担架上，他浑身溃烂，流出的液体把身体下的担架都给染成了黄绿色。他的身上长满了脓疱，而这些脓疱似乎拥有独立的生命，还在不断像呼吸一样膨胀和收缩。
同样的，病人的脸上依旧带着那种诡异的微笑。
伊凡先是给这名病人做了病毒测试，显示为二阶段末期。
现在这名病人正在由内到外地开始腐烂，这也是这些病患最脆弱的时候，此时稍微一用力就可以把他的肢体给直接扯下来。
但是再过不到两个小时，在这名病人体内，瘟疫病毒就会开始重塑他的身体，最终他会从地上爬起来，变成新的瘟疫传播者。
如果是在夏亚没有带来煎饼果子之前，伊凡会吩咐机仆把这名病人连同他躺着的担架一起抬到教堂外面烧了。
而现在伊凡选择了他作为自己的实验对象，他切下二十克的煎饼果子喂进病人的嘴里，但病人的食道和咬合肌已经腐烂，失去了主动咀嚼和吞咽的功能，煎饼果子放进他嘴里他半年不能咽下，然后又随着一阵呕吐把这份煎饼果子吐了出来。
见主动喂食不成，伊凡采用了另一种方式，他取出刀片，在病人的肚子上划了道口子，把煎饼直接送入病人的胃中。
病人没有出现任何反应。
伊凡思考了一会儿，一次性切下了四十克的煎饼果子直接放进了病人的胃里。
病人依然没有出现反应。
伊凡从这名病人身边站了起来，他几步走到了另一名二阶段病人身边。
相较于上一名病人，这名病人的症状要轻很多，他身体溃烂的现象并不严重，身上也只有几处脓疱。
伊凡从这名病人身上抽了一管血注入病毒检测试剂，然后轻轻摇晃，很快试管内就出现了灰绿色的病毒反应颜色，但是试管内并没有完全被灰绿色所占据，还有大概四分之一的透明试剂保持了清澈。
这说明这名病患正处于第二阶段中期。
当一个人的血液与试剂发生反应产生了灰绿色，就代表这人感染了瘟疫。当灰绿色的比重达到了一半，就代表这名病人进入了第二阶段。而要是试剂全部被染色，就代表这名病人已经或者即将进入第三阶段。
伊凡切下二十克煎饼果子放入这位病人嘴中，这位病人开始本能地咀嚼，把煎饼果子咽了下去。
然后，原本这名仰面躺在地上面带傻笑的病人的表情突然陷入了迷茫，接着，他开始了哭泣。
他的眼中流下了灰绿色的液体，接着，和一阶病人不同，他又开始了呕吐。
在呕吐的过程中他吐出了大量胃酸和更多灰绿色的粘稠液体，而在这些液体中又夹杂着许多固体杂质，随着他的呕吐，他身上的脓疱开始快速消失，直到最后，他的瞳孔的颜色也恢复了正常。
“我好像喝醉了……”清醒之后，病人说的第一句话是这个。
然后病人想要从地上爬起来，结果他刚一用力就立刻跌坐了回去，开始大口地喘着气。
“我……我使不上劲……”
伊凡没有理这名刚刚恢复的病人，他回到了一开始那名重度二阶段感染者前，切下二十克的煎饼果子放进感染者的嘴里。
然后伊凡又往感染者嘴里塞了条水管，利用水压强行把感染者口中的煎饼果子冲进了胃里。
然后，这名病人如同他预料的一样，开始了哭泣和呕吐。
但是又和刚才那位二阶段感染者不同，这名病人呕吐到了最后，开始吐出了血液，等到他的瞳孔恢复正常之后，他还没来得及说出任何话就瘫倒在了地上，然后皮下开始蔓延出血斑。
伊凡面无表情的注视着病人的变化，不到半分钟，这名病人已经完全失去了生命体征。
然后伊凡回到自己的实验台前低头收拾着试剂，同时对教堂内所有的机仆和医护人员下达指令：“所有二阶段末期的感染者，全部焚烧，一个不留。”
此刻这座供奉帝皇的巨大教堂内收纳了近千名感染者，其中多数是二阶段重症，所以他们才会被送到最靠近机械神甫的地方。
而把范围扩大到夏亚和弗朗西斯势力控制的全部隔离点之中，也有超过了感染人数的三分之一、隔离点总人口的五十分之一的患者处在这个阶段或者更严重的阶段。
伊凡的这句话就等于直接把这些人判了死刑。
听到了伊凡这个疯狂的命令之后，机仆倒是听话地把符合条件的病人往焚化炉抬，而其他人却在原地犹豫着不知道该做什么。
虽然瘟疫爆发之后伊凡做出了一系列颇有成效的举措，在夏亚带回来煎饼果子前他治好了许多轻症患者，曾一度被认为是对抗瘟疫的希望，所以哪怕是弗朗西斯在面对伊凡有意无意的傲慢时也选择了对他保持尊重。
但现在伊凡直接命令他们去杀人，还是大屠杀，他们一方面的确有些下不去手，另一方则是，教堂内另外的两个首领都还没发话呢。
于是所有人都注视着弗朗西斯和夏亚，弗朗西斯又注视着夏亚，等待着他的决定。
“划分出一块远离人群的新的隔离点，把所有二阶重度的感染者全部安置进去。”夏亚给出了一个折中的指令。
一路跟着伊凡实验下来，夏亚怎么会看不出，霍华德做的煎饼果子的效果根本不是“治疗瘟疫”，而是“驱逐瘟疫”。
这些煎饼果子可以将病毒和炎症聚合物赶出病人的身体，但是现蔓延的瘟疫却并不是一般的瘟疫，这种病毒会破坏人体，改造人体，并最终取代人体的一些机能，成为人体的一部分。
那些重度感染者的身体已经被侵蚀地千疮百孔，全靠病毒的支撑他们才能活命。
而这时把病毒驱逐出他们体外和杀了他们没有区别，所以伊凡才会给出这么冷酷的命令，可能在伊凡看来，这些人已经死了，只是还没埋而已，不如早点把他们烧了，还能节省一些资源。
如果非要救这些重度感染者伊凡也不是做不到，但是那就要用到当初治疗霍华德时的全套顶级医疗设备，而这种级别的医疗设备使用一次的成本可以比一个中巢工人工作一辈子创造的价值还多。
同时夏亚也清楚，自己给出的这种所谓折中的建议也不比直接把这些患者烧了好多少，虽然把他们安置到了新的隔离点，但他们也不会获得任何额外的医疗资源倾斜，甚至连现有的医疗保障都会被取消，最后的结果只能是整个隔离点的病人都变成瘟疫行尸，然后被烧掉。
但夏亚知道现在的当务之急并不是去治疗和救援那些已经深度感染的“死者”，而是尽可能让更多的健康的人生还下来。