第一次宇宙大战与第二次宇宙大战之间间隔50万年。对于普通人来说遥不可及，但是对比整个宇宙文明来说却非常短，第二次大战距今整整一千万年。帝国那时还没有完全恢复元气，因此第二次宇宙大战的开端是由帝国内部引起。
在50万年发展的过程中，在虚源感染下存活的生物经过万年的发展，逐渐形成新的物种，并进一步发展为新的种族，并且大部分都有了悠长的寿命，不过大部分都没有智慧，更像是野兽。
不过还是会有存在智慧的生物，进化者们在这里自由地发展生物科技，各种生物被创造出来，其科技含量与帝国的科技平分秋色。
相比于帝国的暴力秩序统治，这里推崇的是弱肉强食，实力为上，在拥有智慧的种族之间也是如此，他们自称为妖族。
虽然他们整体实力远远比帝国强，由于内部没有强势的统一，因此也奈何不了对方，反之帝国如果全面攻打，那么他们就会异常团结。
当然帝国在五万年的时间里也不并是毫无建树。他们提取了进化者体内的抗体，并制作成疫苗，通过特殊的方法让疫苗长期存在，并且可以复制繁殖。在50万年的时间里传遍了三分之二个星系团。每个有大气的星球都有疫苗的存在，甚至连星空也有少部分的疫苗。
帝国内的人民起初对这种病毒感到害怕，称所有被感染的生物为怪兽，怪兽……
在帝国的暗中指导下，人民对进化者们感到了极大的厌恶，甚至达到了神憎鬼厌的地步。自发地参军打仗，甚至有一些人制造机甲，去屠杀怪兽，帝国也发出悬赏，只要屠杀怪兽，就能获得一定的报酬，越强大的怪兽，击杀的报酬也就越大，有一些人根据怪兽身上的一些部位，用来做成武器或部件，也可用来做房子或修饰房子，也能当做收藏品，甚至一些肉还能做成美味，即使后来帝国分裂了，但是这种方法变成传统传了下来。
但是后来有人发现大部分的妖族拥有悠长的寿命，于是更加就引起人疯狂了，无数人趋之若鹜。他们在一边击杀，一边解剖研究，试图寻找妖族长生的秘密。甚至当时的帝王也秘密抓捕敢死者进行研究，因为他们发现敢死者也和妖族一样拥有悠长的寿命。
在帝王的授意下，成立了妖族基因组计划部门，通过测定和绘制各个妖族的基因组，敢死者的基因组图谱，与之前早就做好的各种族基因组图谱进行对比。
经过了大约700年，帝国终于绘制出了另一组特殊的基因组图谱，被称为神族图谱，后续的很多转生研究都是以此为基础上进行的，同时这也是转生成巨人所必须的条件，同时这也是帝国分裂的开端。
一些人在转化成神族之后，在力量和寿命增长的同时，野心也在不断地增长，尤其是那批的赶死者们，他们不甘为帝国付出生命的代价后，最终沦落为实验品。于是在某一年，他们联合各地爆发了内战。
他们先是引爆了提前埋藏在靠近妖族地盘的生命星球内的高浓度病毒虚源储藏箱，使星球内的大部分生物感染变异，如同第一代病毒虚源所感初次感染星球的那样，各个星球内的人顿时陷入了恐慌，各种行业陷入瘫痪，伪造成妖族要全面进攻的假象。迫使帝国军队出兵。接下来他们趁着帝国的注意力在妖族身上时，联合各地一些势力发动武装政变，攻入帝皇所在的帝皇宫星球，最后他们成功了，之后帝国分裂解体。
但是不巧的是妖族也趁机发起全面战争，整个2\/3的星系团如同被大火煮开了水，沸腾起来。有超过三分之二的星系团被妖族占领。但还是那句老话，瘦死的骆驼比马大。最后各族团结联合在一起。其中也出现了许多英雄豪杰。一步一个脚印，慢慢地夺回被妖族占领过的星空。最后双方各占半个星系团，至此第二次宇宙大战到此结束。
接下来无非就是群雄四起，旧势力消亡新势力诞生。人族和妖族之间也再在没有发生过全面战争，局部战争倒是不断。
但是这场变革使他们的实力迅速扩大，他们的疆域从虚星昴星系团扩大到其他星系团。