经过简单的讨价还价，高伯适与杨烜签订了秘密条约。双方约定：
暨南军政府出兵越南，帮助黎氏起义军打败阮朝军队。事成之后，暨南军政府将获得越南北圻地区，并在中圻“享有特殊经济权益”。
密约既成，征越也就摆上了日程。统帅早有人选，即前任海军司令罗大纲。作战计划也有，只是相当粗陋，因为总司令部没有预料到，征越行动会突然提前。
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于是，越王府、总司令部上上下下又开始忙碌起来。
总司令部在忙着组建征越司令部，完善作战计划，组织兵棋推演，调兵遣将，运送粮草弹药。
越王府则在忙着改革军制，赶在征越军出发之前，为官兵授军衔。
两广战局已定，杨烜也开始着手推动新一轮军制改革。实行军衔制，正是新一轮军制改革的重要内容。
这一轮军制改革，颇有一些亮点，在此不妨一叙：
第一，实施军政、军令的分离，进一步掌握军权。
黑旗军改名为革命军。黑旗军已经发展壮大，军兵种复杂，所用军旗早已不限于黑旗，特改名为革命军，以显示其倾覆满清、再造中华的决心。
军令机关，仍为总司令部，包括陆军司令部、海军司令部等下级司令部。
军政机关进一步分离。
暨南军政府军政部，将拆分为陆军部、海军部，为陆军、海军的军政机关，主要开展军事教育、工程等次等业务。
省以下各级军政府，军政部改名为军事部，负责协调军队、开展军事教育、维护军事设施等。
新成立一个军咨府，隶属于越王府，负责战略筹划、帮助越王掌理军队、任免赏罚师级以上军官、编制国防预算……
很明显的，军咨府将成为革命军的核心机关，帮助杨烜掌控军权、掌理部队。
通俗地说，军咨府主管战略、人事、财政等大政方针，军令机关主管指挥打仗，军政机关主管建设、训练、教育等寻常业务。
第二，实行军衔制。
模仿西方军队，实行军衔制。这是一项非常重要的工作，主要是为了推动职级并行。
所谓职级并行，是指职务与级别分设，有助于安置日益增多的功臣，提高官兵士气。
在此之前，革命军只有职务，没有衔级，不利于组织领导。
譬如罗大纲，曾任海军司令，但并不懂现代海军，只能把位置让给其他人。一旦退下来，他就没了实际职务，处境非常尴尬。
有了军衔之后，罗大纲照样可以保持其地位，有利于提高他的积极性。
军官方面，高级军官设元帅、上将、中将、少将、准将五种军衔。元帅专为战时所设，无战功不得封元帅。中级军官设上校、中校、少校三等军衔。下级军官设上尉、中尉、少尉三等军衔。
军衔需与职务相匹配。譬如，师长授予准将军衔，团长授予上校军衔。
大元帅则为越王专用军衔。
士兵方面，有新兵、列兵、上等兵三等，对应军龄为一年、两年、三年。三年以上，得授士官，分为下士、中士、上士、士官长四等。
此次授衔，少将只有陈虹、唐约翰、罗大纲、陆雨晨四人，中将则只有冯可钦、薛昊两人。之所以这样做，是为了方便以后晋衔，拉长晋升空间，提高官兵士气。
第三，改革陆军，建成野战部队、守备部队、民兵三类陆军体系。
（一）野战部队。
主要包括四个步兵师、一个炮兵师、一个骑兵师、陆军直属队。野战部队属于“纯”陆军，也是陆军精锐，各地军政府均无权调动、指挥野战部队。
野战部队编制员额较多，步兵师编制在两万五千人左右，配有工兵、炮兵、骑兵等兵种部队，可独当一面，单独执行战役级任务。
炮兵师编制一万人，骑兵师编制一万五千人，战时配属给步兵师。
（二）守备部队。
主要包括近卫师和广西、广东两省守备师。
近卫师编制一万人，平时驻守广州，战时随总司令部行动。近卫师负责保卫统帅，直属于军咨府，对大元帅负责。
陆军司令部、军政府均无权调动近卫师。
广西、广东两省各自编配一个守备师，编制员额一万五千人，负责守卫地方，一般不出省作战。
守备师受革命军、军政府双重领导。若两者有冲突，以革命军的意见为主。
（三）民兵。
民兵由不脱产的工人、农民组成。在政府机关、工矿企业、农村，应普遍建立民兵组织。
民兵受革命军、军政府双重领导。若两者有冲突，以军政府的意见为主。
第四，建设任务型的海军。
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海军旧编制较为粗疏，仅有一师、二师、三师等编制，不能体现海军特有的专业性、特殊性，必须进行一番大刀阔斧的改革。
革命军海军下辖南洋舰队、内河舰队、海军陆战队三大部队。因司令员陆雨晨出使欧洲，海军参谋长唐约翰代理司令员。
（一）南洋舰队。
南洋舰队顾名思义，是一支外海舰队，主要任务是保卫海疆，以外国列强为假想敌。
南洋舰队主要继承海军第一师的人员装备，司令部驻广东顺德，在顺德建有大型海军基地。
目前，南洋舰队现有装备以小吨位蒸汽战舰为主，只能在近海作战。
怡和公司作为美国旗昌洋行大股东，收购了上海旗记船厂。加上广州柯拜船坞、南宁邕宁造船厂，广州方面已经初步形成了造船能力。
不久之后，南洋舰队有望得到大吨位战舰，进而实现远洋作战能力。
（二）内河舰队。
内河舰队司令部驻广西梧州府，其主要任务是围剿境内水寇，支持陆军日后北上湖南。
关于是否保留内河舰队，总司令部曾有过一番争论。有人认为，革命军已经尽占珠江流域，没必要保留内河船只，可以把节省下来的经费留给南洋舰队。
杨烜力排众议，力主保留内河舰队。南中国水网密布，小型内河船只可以通过湘桂交界处的灵渠，从广西进入湖南。
有战船相助，陆军可以更好地北进中原。届时，一支灵活机动的内河舰队是非常有必要的。
保留内河舰队遂成定议。
内河舰队基本继承海军第三师的人员、装备。第三师原本任务是水上运输，装备很一般，以传统帆船为主。
（三）海军陆战队。
海军陆战队主要执行两栖突击作战任务，可利用船只快速机动至预定作战地域，单独或支持陆军作战。
海军陆战队人员装备主要继承第二师。第二师主登陆作战，曾屡次深入敌后，出奇制胜，令敌人闻风丧胆。
因为功勋卓着，作用突出，有人建议将海军陆战队从海军中独立出来，单独成立一个军种。
经过反复论证，杨烜还是否决了这个提议。海军陆战队对海军依赖性强，必须与海军紧密配合，得到海军战舰、运输船的支持，方能发挥出最大作用。
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若把海军陆战队独立出来，就得为其增配战船、运输船，这将增大本就紧张的财政负担。以革命军现有的协同能力，把海军陆战队独立出来，不如让她继续隶属于海军。