随同聂有一同前来伏波庙祭拜的众人也跟着将水囊倒空，又各自上前灌了些泉水在水囊之中，见天色还早，
聂有便继续在伏波庙中逛了逛，聂有望着那伏波庙的大殿道：“伏波将军一生南征北战，为东汉立下了赫赫战功，可惜最后还落得个含冤而死的下场，真是造化弄人、命运无常啊！”
光武帝建武十七年，马援被征入朝任虎贲中郎将。
维汜（曾蛊惑百姓，后被杀）的弟子李广纠集徒党，攻下皖城，杀皖侯刘闵，自称“南岳大帅”。
朝廷派谒者张宗率兵数千人讨伐，又被李广打败，于是派出马援。马援组织诸郡兵马一万余，击斩李广等人。
建武十八年（42年），马援率军到达浪泊，大破反军，斩首数千级，降者万余人。马援乘胜进击，在禁溪一带数败征侧，敌众四散奔逃。
建武十九年（43年）正月，马援斩杀征侧、征贰，传首洛阳。朝廷封马援为新息侯，食邑三千户。马援犒赏三军，大发感慨，三军将士齐呼万岁。
接着，马援率大小楼船两千多艘，战士两万多人，进击征侧余党都羊等，从无功一直打到巨风，斩俘五千多人，平定了岭南。
马援见西于县辖地辽阔，有三万二千多户，边远地方离治所一千多里，管理不便，就上书刘秀，请求将西于分成封溪、望海二县。
马援每到一处，都组织人力，为郡县修治城郭，并开渠引水，灌溉田地，便利百姓。
马援还参照汉代法律，对越律进行了整理，修正了越律与汉律相互矛盾的地方，并向当地人申明，以便约束。
从此之后，当地始终遵行马援所申法律，所谓“奉行马将军故事。”
建武二十年（44年），马援率部凯旋回京。刘秀赐马援兵车，朝见时位次九卿。
马援回到京城一个多月，正值匈奴、乌桓进犯扶风，马援见三辅地区受到侵掠、皇家陵园不能保全，就自愿请求率兵出征，刘秀同意了。
建武二十一年（45年），马援率领三千骑兵出高柳，先后巡行雁门、代郡、上谷等地。乌桓哨兵发现汉军到来，部众纷纷散去，马援无所得而还师。
马援曾经患病，而梁松前往看望，在床边向马援行礼，马援没有回礼。
梁松走后，马援的儿子说：“梁松是陛下的女婿，贵重朝廷，公卿以下莫不害怕，大人为何独不答礼他？”马援说：“我是梁松父亲的朋友，就算他显贵，怎能失掉长幼的辈份呢？”梁松因此记恨马援，这便是马援太过耿直，方才招致后面的祸事了。
建武二十四年（48年），南方武陵郡五溪蛮暴动，武威将军刘尚前去征剿，冒进深入，结果全军覆没。
马援时年六十二岁，请命南征。刘秀考虑他年事已高，而出征在外，亲冒矢石，军务烦剧，实非易事，没有答应他的请求。
马援当面向刘秀请战，说：“臣还能披甲上马。”刘秀让他试试，马援披甲持兵，飞身上马，手扶马鞍，四方顾盼，一时须发飘飘，神采飞扬，真可谓烈士暮年，老当益壮。
刘秀见马援豪气不除，雄心未已，很受感动，笑道：“这个老头好健康啊！”于是派马援率领中郎将马武、耿舒、刘匡、孙永等人率四万人远征武陵。
出征前，亲友来给马援送行。马援对老友谒者杜愔说：“我受国家厚恩，年龄紧迫余日已经不多，时常以不能死于国事而恐惧，现在获得出征机会，死了也心甘瞑目，害怕的是一些长者家儿或在左右，或参与后事，特别难以调遣，我独为此耿耿于心啊。”
建武二十五年（49年），马援率部到达临乡，蛮兵来攻，马援迎击，大败蛮兵，斩俘两千余人，蛮兵逃入竹林中。
此前，当部队到下隽时，有两条路可走，一是经壶头山，一是经充县。
经壶头山，路近，但山高水险，经充县，路远，粮运不便，但道途平坦。
究竟该从哪儿进发，刘秀开始也拿不定主意。耿舒，就是马援在出发时说的那些权贵子弟中的一个，想从充县出发，而马援则认为，进军充县，耗日费粮，不如直进壶头，扼其咽喉，充县的蛮兵定会不攻自破。
两个人意见不一致，便上表说明情况，请皇帝裁决，皇帝同意马援的意见。
三月，马援率军进驻壶头，蛮兵据高凭险，紧守关隘，水势湍急，汉军船只难以前进。
加上天气酷热难当，好多士兵得了暑疫等传染病而死，马援也身患重病，部队陷入困境。
马援命令靠河岸山边凿成窟室，以避炎热的暑气。虽困难重重，但马援意气自如，壮心不减。
每当敌人登上高山、鼓噪示威，马援都拖着重病之躯出来观察了望敌情。手下将士深为其精神所感动，不少人热泪横流。
但耿舒却在此时写信给其兄好畤侯耿弇，告了马援一状：“前次我上书建议当先进攻充县，粮虽难运而兵马得以展开使用，军人数万争先奋进。今困在壶头不得进，大众忧郁将死，实可痛惜。
前次到临乡，贼无故自己到来，当时如果乘夜攻击，就可消灭掉。伏波用兵像西域的贾胡，到一处后就止步不前，因此失利。今果然困于疾疫，都如我所预言的一样。”耿弇收到此信，当即奏知刘秀。
刘秀就派虎贲中郎将梁松去责问马援，并命他代监马援的部队。梁松到时，马援已死。
梁松旧恨难消，乘机诬陷马援。刘秀大怒，追收马援新息侯印绶。
梁松对马援素有怨恨，原因比较复杂。一是马援写信告诫晚辈，梁松曾受到牵累。
马援当年南征交趾，在前线听说侄儿马严、马敦到处乱发议论，讥刺别人，而且跟一些轻狂不羁的人物结交往来，便立即写信劝诫他们。
信中举杜季良之例，杜季良当时正任越骑司马，他的仇人以马援此信为据，上奏章控告他，说他：“行为轻薄，乱群惑众，伏波将军从万里外写信回来以他训诫兄子，而梁松、窦固与之交往，将煽动轻佻虚伪，败乱我中华。”
刘秀览此奏章，把窦固、梁松召来严加责备，并且把奏章和马援的信给他们看。
二人叩头流血，才免去罪过，结果杜季良被罢官，龙伯高则被升任零陵太守，可重建汉室基业的刘秀却依然还是没有替马援平反，
虽然马援很早便跟随着他南征北战，为恢复大汉基业立下了很大的功劳，但是有些时候谗言还是能盖过很多东西的。
左右中一名熟悉马援事迹的人道：“将军说的是，如此忠勇之士落得如此下场的确是可惜了，但好在两代之后的汉章帝给他平反了。”